La posizione, che colloca i due borghi in una zona in cui si verifica la confluenza tra le valli Brembilla, Imagna e Brembana, ha creato i presupposti per insediamenti umani fin dalla preistoria. Risalgono infatti al paleolitico superiore (databili attorno al X millennio a.C.), alcuni reperti archeologici riconducibili ad abitanti che si ritiene appartenessero ad insediamenti numericamente rilevanti e con una buona organizzazione, rinvenuti in località Piane o nelle grotte di Costa Cavallina, o in quelle denominate Büs dei Cornei e Büs di Laür.

Il ponte di Attone e la dogana.

Tuttavia i nuclei abitativi cominciarono a formarsi ed a svilupparsi soltanto parecchi secoli più tardi, grazie ai Romani. La loro presenza sul territorio, attestata dal ritrovamento di numerosi reperti tra cui spiccano monete e vasi, venne favorita dall'esistenza di vie di comunicazione che collegavano Clanezzo (ritenuto il centro più antico tra i due che compongono il comune) agli importanti territori di Lemine (l'attuale zona di Almenno), passando per Ubiale, attraversando il corso del fiume Brembo con un ponte di cui ancor oggi rimane un pilone.

Con la fine dell'impero romano il territorio vide un periodo di scarsa antropizzazione, almeno fino all'arrivo dei Franchi che, istituendo il Sacro Romano Impero, diedero vita al feudalesimo.

Inizialmente assegnate al Vescovo di Bergamo, queste terre cominciarono ad essere teatro degli scontri tra guelfi e ghibellini, tanto che in tutta la zona sorsero castelli e fortificazioni, tra cui spicca come imponenza ed importanza il castello di Clanezzo: di proprietà della famiglia ghibellina dei Dalmasano, che vide tra i suoi esponenti Beltramo e Unguerrando, fu al centro dei principali eventi che riguardarono le contrade limitrofe.

Su di esso cominciarono a circolare numerose leggende nonché ad addensarsi un alone di mistero, vista l'inaccessibilità del luogo e la terribile fama di cui godevano i proprietari.

Nel corso del XIV secolo numerosi furono gli scontri che riguardarono il borgo che, legato al vicino Brembilla, combatté a lungo contro gli abitanti della valle Imagna, schierati con la fazione guelfa, causando devastazioni territoriali e numerose perdite umane.

La situazione ritornò alla tranquillità a partire dall'inizio del XV secolo quando, unitamente al resto della provincia bergamasca, venne posto sotto il dominio della Repubblica di Venezia, la quale emanò una serie di provvedimenti volti a migliorare la situazione sociale ed economica. La Serenissima ordinò la distruzione del castello della famiglia Dalmasano, rea di essersi opposta all'arrivo dei veneti, ma diede anche notevole impulso alla basse valle Brembana creando la via Priula, strada che, attraversando l'intera valle, collegava il capoluogo orobico con i territori del canton Grigioni.

Questa diede grande impulso ai borghi di Clanezzo ed Ubiale che, nonostante la strada passasse sull'opposto versante della valle in località Sedrina, poterono migliorare i trasporti ed i commerci.

L'economia è sempre stata imperniata sull'agricoltura e sull'allevamento, situazione che ha impedito uno sviluppo economico del borgo e dei propri abitanti, da secoli costretti ad intraprendere l'avventura dell'emigrazione, nonostante si fosse sviluppata anche l'attività estrattiva riguardante materiali come quarzo e calcare.

I secoli successivi videro l'arrivo della dominazione francese al termine del XVIII secolo, a cui poi subentrarono nel 1815 gli austriaci, per poi passare definitivamente al Regno d'Italia nel 1859, senza che nel paese avvenissero episodi di rilevanza politica.